正面配备指纹识别腰圆键，同时Hi-Fi配置、全网通以及快充等功能都悉数保留。
系统方面，PRO 6s运行了基于Android 6.0的Flyme 5.2系统，沿用了扁平化的设计风格，配色鲜明清新，整体而言相对于Flyme 5.1并没有太大的变化。
长按主菜单界面进入桌面管理界面，该界面允许用户整合图标、更换壁纸以及添加桌面小工具，这和绝大多数手机是一样的。
PRO 6s支持指纹识别，指纹录入步骤简单，重复放置手指到传感器上就能完成指纹录入。值得一提的是，PRO 6s指纹识别速度很快，能够做到0.2s极速解锁。
在一些实用功能上，Flyme 5.2基本都不缺少，无论是访客模式还是应用加密都能在一定程度上保护用户的隐私，而护眼模式则类似iPhone上的Night Shift模式，打开后屏幕会变“黄”，减轻屏幕光对眼睛造成的压力。
PRO 6s同样支持3D Press压力触控功能，和iPhone 6s/7上的3D Touch相似，支持按压图表弹出快捷操作和图片/邮件/短信快速预览功能，应用场景比较有限。
