作为N系列的延续，除了采用了4GB/6GB内存外，360手机N6 Pro还搭载了主流的骁龙660处理器。骁龙660采用八核心的Kryo 260架构，以及更先进的14nm制程工艺。
实现功耗和性能的稳步提升，辅佐今年多款热门手机赢得了市场的认可。续航方面，360手机N6 Pro内置一块4050mAh的电池，并且支持18W快充，正常使用一天不成问题。
系统方面，360手机N6 Pro搭载基于Android 7.1.1的360 OS 3.0系统，界面简洁明了，直观的一级菜单，扁平化标准的图标，口味相对“大众”。
系统中还有游戏加速功能，游戏加速器提供了更为积极的性能调度，保障了游戏体验的流畅。配合可自主设置的提醒模式，减少对游戏的干扰。除此以外，常规的特色应用也得到了保留，例如360卫士、来电秀、财产系统等等。
