魅蓝S6采用了Flyme 6.2操作系统，魅族经典的小圆点也回归，配合线性马达实现压力触控功能，Super mBack轻触返回，重按回到桌面，长按息屏，上划多任务，侧滑切换多任务，魅蓝称“可能是目前市场上最好的全面屏解决方案”。
那么，魅蓝S6和魅蓝Note6有什么区别呢？
屏幕方面，魅蓝S6是魅族旗下首款18：9全面屏手机，配备5.7英寸720P分辨率屏幕。而魅蓝Note6配备的是5.5英寸1080P全高高清传统屏幕。
魅蓝S6和魅蓝Note6在屏幕上可以说各有特色，S6主要是更大一些的屏幕和18:9全面屏优势，但分辨率偏低。而魅蓝Note6虽然没有全面屏，但屏幕分辨率是更主流的1080P分辨率。
性能方面，魅蓝S6首发全新三星Exynos 7872六核处理器，支持全网通，基于14nm工艺。而魅蓝Note6搭载的是高通经典神U骁龙625八核处理器，同样是14nm工艺，支持全网通。
魅蓝S6安兔兔V7跑分达到接近9万分，而魅蓝Note6安兔兔V7跑分大约在8万分左右，就综合性能而言，三星Exynos 7872要略强于高通骁龙625。
不过，这款Exynos 7872处理器目前不支持双摄，也不支持1080P屏幕，虽然有性能优势，但其它支持方面目前也还存在一些短板，有待进一步提升。
