魅蓝S6采用了Flyme 6.2操作系统，魅族经典的小圆点也回归，配合线性马达实现压力触控功能，Super mBack轻触返回，重按回到桌面，长按息屏，上划多任务，侧滑切换多任务，魅蓝称“可能是目前市场上最好的全面屏解决方案”。
魅蓝S6还预装有Flyme 6系统，确如传闻所说的那样搭载了三星Exynos7872处理器，并采用2×A73+4×A53的CPU构架，大小核主频分别为2.0GHz和1.6GHz。
GPU则为Mali-G71,具备全网通功能，通吃移动/联通/电信的2G/3G/4G网络。此外，该机还支持双频Wi-Fi连接，红外和蓝牙技术。
魅蓝S6还配有5.7英寸18:9显示屏和支持HD+分辨率，采用了in-Cell全贴合技术和覆盖有2.5D玻璃，亮度最高可达450nit，对比度则为1000：1。
而作为该机的主要卖点之一，魅蓝S6还在机身右侧设计有指纹识别传感器，自称解锁速度仅为0.2s，并支持支付宝和微信等移动支付功能。
