在配色方面，魅蓝E3则有香槟金、曜石黑和丹青3种配色可供选择。魅蓝E3采用了最新发布的高通骁龙636处理器，成为了魅族与高通和解后的第二款采用高通处理器的手机，也是魅族第三款采用高通处理器的手机。
高通骁龙636采用了big.little架构，拥有4个高通Kryo260大核心和4个Kryo260小核，性能也是非常强悍。魅蓝E3采用LPDDR4内存，拥有更高的速度和更低的功耗。
同时配合高通骁龙636处理器，可以让手机的性能得到更好的发挥。机身储存方面更推出了128GB的版本，这个也是首次，让魅蓝E3的储存硬件配置和不少的高端手机看齐。
与魅蓝S6相同，魅蓝E3采用了向内凹陷的侧边指纹识别键，仍然为一体式的不可按压按键设计。与此前索尼和中兴的机型不同，魅蓝E3的指纹识别键和电源键是分开的，电源键在指纹识别键上部。
魅蓝E3采用了纵向排列的1200万+2000万像素后置双摄像头，摄像头略有凸起。机身背板为金属材质，呈磨砂质感，上下有两条信号溢出带，其好处在于不容易沾染指纹。
