但由于另外两名团员不适应台湾的宣传方式因而退出，于是萧亚轩成为独立歌手，于1999年推出首张个人国语专辑《萧亚轩同名专辑》。
2010年1月1日，萧亚轩妈妈逝世。母亲生病期间，萧亚轩到宜兰三清宫三跪九叩800公尺，愿以自己10年寿命换来母亲健康，孝举感人至深。
恋情2012年4月份萧亚轩和柯震东两人牵手漫步在台湾矮树走道，两人恋情被曝光。2012年9月9日柯震东在微博对萧亚轩表白心迹，10日，萧亚轩在微博回应柯震东，两人恋情首次公开恋情。
2013年5月29日柯震东在玩具店买海贼王公仔送给程颖婕，6月18日柯震东22岁生日时，程颖婕为其庆生，并送上海贼王图案方巾，被认为柯震东移情别恋，8月12日，萧亚轩明确表示恋情稳定。
2014年2月初，柯震东与妈妈及哥哥同游印尼，萧亚轩于Instagram上载背景相似的照片，疑似与柯震东一家同游。
2014年4月30日，柯震东亲友间传出二人分手消息，但是双方的经理人都同样不置可否地以“不回应”来回避问题，令分手消息更加疑幻疑真。
2014年7月萧亚轩承认了新恋情，果然就是传闻中的新欢Elroy。也意味着与柯震东小鲜肉的恋情正式告终。萧亚轩大赞新欢Elroy人好又心地善良，是很值得深交的人...
