《疯狂动物城》的结局幕后黑手羊副市长的计划失败了，也受到了应得的惩罚。所有的食肉动物都恢复了正常。兔朱迪和狐尼克凭借自己的勇敢和智慧让羊副市长的计划最终没能得逞，拯救了动物城所有居民。
影片讲述了在虽然没有人类的动物世界里却上演着惊天大阴谋，看似一脸善良的山羊副市长却是一个想把动物们都控制起来的幕后黑手，她想利用一种名叫“午夜嚎叫”的花，从中提取血清，攻击肉食动物，想清除掉一切肉食动物。本来安静祥和的动物城，因为几次肉食动物咬伤素食动物的事情而闹得沸沸扬扬，甚至有人站出来说肉食动物本来就是吃肉的，应该把他们全关起来。这样一来正好中了副市长的奸计。
兔朱迪在一次意外中认识了狡猾的狐尼克，并和他一起调查这一件件不寻常的事件，在她看来狐尼克是狡猾的，因为狐狸本身就是狡猾的代名词。但最终在一些事情的证明下让她打消了这个念头。虽然狐狸是食肉动物，但是狐尼克是好人。只是被羊副市长利用了而已。
最后羊副市长在狐尼克和兔朱迪设下的陷阱下说出了事情的实情，兔朱迪则录了音，羊副市长被警察带走。在影片的最后狮市长发言说希望动物城和谐共处，狐尼克也成为了第一个狐狸警长。
