在李自成兵败后，孙传庭本希望包围商洛山，重兵搜索李自成，但这时北方边警又起，他麾下的精锐部队，多被东调拱卫京城。
而在第二年抗击皇太极南侵的战斗中，他因得罪杨嗣昌，甚至一度遭下狱。对于投降的张献忠，之前他曾屡降屡叛，显然是不可靠的。明王朝本有官员上奏，要求在张献忠投降后把他除掉，但是招抚张献忠的湖广总督熊文灿力保，才让张献忠逃过了一劫。李自成，张献忠这两颗微弱的火种，就这样保留了下来。再次燃烧时，就必然让明王朝追悔莫及。
结果，仅仅过了一年多，趁明王朝主力部队集中辽东的机会，崇祯十二年五月（1639年），反复无常的张献忠再次造反，是年九月，杨嗣昌亲自统兵镇压，这位提出“四正六隅十面网”的战略家，实战能力却近乎低能，被张献忠牵着鼻子走了几个月，最后兵败自杀。
次年五月，明王朝辽东再遭皇太极入侵，明朝由洪承畴领军十三万，与皇太极在锦州，松山地区展开了长达一年的厮杀，在战事已获主动权的情况下，却因崇祯的瞎指挥，强令洪承畴盲目进兵，最终功亏一篑，反被清军打的全军覆没，明军伤亡五万多人，几乎报销了所有精锐军队。
也是在这一年，河南发生百年不遇的旱灾，李自成乘势而起，很快聚集了数万军队。他与张献忠遥相呼应，先取湖北孝感，汉阳，继而挥师北上，于次年正月占领洛阳，杀了“争国本”案的反派角色---福王朱常洵。继而两攻开封，最后通过掘开黄河大坝引黄河水的方式，将开封彻底毁掉。
这时候的明王朝，精兵良将多在两线作战中耗尽，唯一能与李自成抗衡的，就是刚从牢狱里放出来的孙传庭。
崇祯十六年（1642年）夏，孙传庭在崇祯皇帝的几次催促下，率领新招募的十几万兵马出潼关与李自成决战，他本来看的很清楚，李自成虽然生猛，但只要明军守住潼关，阻止李自成入陕西。
明王朝就可留有翻身的机会，但急功近利的崇祯再次断掉了这个机会，如他瞎指挥洪承畴打松锦一样，这次又瞎指挥孙传庭，君命难违下，孙传庭被迫出兵，这些从没上过战场的新兵，在野战里哪里是李自成麾下虎狼之师的对手，到十月份，孙传庭败绩连连，在渭南之战全军覆没后，他以自尽的方式壮烈殉国。
至此，李自成推翻大明王朝，已经再无障碍。次年正月初一，李自成在长安建立大顺政权，继而挥师北进，明王朝再也无法抵挡，三月十八日，李自成兵不血刃占领北京，崇祯皇帝上吊自尽。受够了十七年两线作战之苦的明王朝，最终灭亡了。
