从李莲英死到1966年，只有五十多年时间，如果李莲英墓被盗，那些价值连城的金银珠宝为什么没被盗走，却偏偏盗走了他的骸骨?须知，一个死了多年的太监，遗骨对者来说毫无价值。由此可推测：李莲英很可能是被砍头而死的。
李莲英身首异处就说明了他一定是被人所杀，是非正常情况下死亡的，究竟谁是杀他的人呢？与他有着怎样的深仇大恨？
1、李莲英是被暗杀的
据江朝宗的儿子江宝仓讲，有一天，江朝宗曾经请李莲英吃饭。李莲英到晚年后，虽然因名声不好已足不出门。但是，由于江朝宗曾替他说过情，使其免遭抄家之祸，所以李莲英对江朝宗万分感激。他按时赴宴，席散后，李莲英途经后海时遇上了土匪，被杀死。途中车夫和跟班的赶紧回家报告，李家也急派人到后海寻找，天亮时只找到李莲英的头，身子已不知去向，可能被人投到了后海里去了。为了不走漏消息，李家称李莲英因病而死。
李莲英死亡惊人真相为何坟墓中只有头颅
2、死在外地
据说，李莲英有个侄女嫁到山东，李莲英出宫后，去山东探望侄女，顺便游泰山。在回京途中，来到山东与河北交界处被人杀死。两个随从见状吓破了胆，没把尸体运回，只把头颅割下运回北京。以后再派人寻找尸体时，早已无影无踪，因此下葬时只把头装进了棺材。
3、被小德张所杀。
小德张是晚晴最后一个太监，小德张是隆裕的亲信，经常鼓动隆裕查办李莲英。由此可以推测，李莲英极有可能是被小德张所杀。
4、回京途中被杀
李莲英离开紫禁城后，他失去了昔日的威风与权势。回首当年高高在上，心中不免增添几分苦闷与烦脑，他便遛出北京，来到清东陵拜谒主子慈禧皇太后的亡灵，在回京途中被杀。
结合以上观点和传说小编认为李莲英死于他杀的可能性最大，因为病死之说仅仅是其家人的观点。至于他死于何人之手，小编认为应该是死于仇敌。原因如下：尽管李莲英圆滑机警，却仍有大量仇家。“权倾朝右”之人，肯定是踩着别人的尸体向上爬的。仇家可以是革命党人，也可以是宫中同道，亦可以是袁世凯授意之人。
其实，最有可能杀他的人，则是光绪皇帝的弟弟醇亲王载沣，其时任监国摄政，权倾一时，他杀人的动机也是有的，因为有人说正是李莲英下手毒死了光绪皇帝，报哥哥被杀之仇，顺理成章。至于悍匪劫杀之说，则有点牵强。
后人对其死亡之谜的探索也只是为了满足自己一时的好奇心，毕竟李莲英也是晚晴末期比较重要的人物。但无论如何，太监毕竟是一个有辱门厅的职业，再加上李莲英依靠慈禧为非作歹，死后落得个身首异处也算死有余辜吧。
