二是说李氏。李氏是高丽(今朝鲜)美女，长得花容月貌，深得朱元璋宠爱，说她是明成祖生母的主要根据是《南京太常寺志》。太常寺是明朝管理祭祀礼乐的机构，皇家宗庙的祭祀就由其负责。据《太常寺志》记载：“孝陵祀太祖高皇帝、高皇后马氏。左一位淑妃李氏，生懿文太子、秦愍王、晋恭王；左二位皇妃，生楚王、鲁王、代王、郢王、齐王、蜀王、谷王、唐王、伊王、潭王；左三位皇贵妃，生湘献王、肃王、韩王、沈王；左四位皇贵人，生辽王；左五位皇人，生宁王、安王；右一位 妃，生成祖文皇帝。”此书为掌管皇家宗庙祭祀的重要文献，在皇家具有重要的意义，因而它的记载应当具有较高的真实性。
另外，明朝的沈玄华在《敬礼南都奉先殿纪事十四韵》写道：“高后配在天，御幄神所栖。众妃位东序，一妃独在西。成祖重所生，嫔德莫敢齐。”意思是说 妃的灵位之所以单独放在西面，是因为她是明成祖的亲生母亲，因而明成祖独独突出她的位置，不与别的妃嫔放在一起。这种观点得到了后世很多学者的支持，傅斯年、吴晗等历史学家经过认真研究和考证，都认为成祖的亲生母亲就是妃李氏。
三说是元顺帝的妃子洪吉喇氏。据说当年朱元璋攻陷大都，元顺帝仓皇北逃。朱元璋来到元顺帝的后宫，发现有一个姿容娇美的美女，眉目含情、引人怜爱，朱元璋心下大喜，于是收她为妃子。而这个美女就是元顺帝的妃子洪吉喇氏，太师洪吉喇特托克托的女儿，这时候洪吉喇氏已经怀孕，被朱元璋收留后生下一个男孩，即明成祖朱棣。这样说来，明成祖朱棣不仅不是皇后所生，而且还不是朱元璋的亲儿子，竟是元顺帝的遗腹子！但根据史书记戴，元大都失守时是至正二十八年，即公元1368年，而明成祖朱棣生于至正二十年，即公元1360年，中间相差七八年之久。因此，这种说法存在太大的漏洞，很可能是民间流传的谣言。
四是说蒙古女人瓮氏。清代《广阳杂记》中有一段这样的记载：“明成祖，非马后子也。其母瓮氏，蒙古人。以其为元顺帝之妃，故隐其事。宫中别有庙，藏神主，世世祀之，不关宗伯，有司礼大监为彭恭庵言之。余少，每闻燕之故老为此说，今始信焉。”意思是说明成祖朱棣不是马皇后生的儿子，而是蒙古女人翁氏的儿子，翁氏是元顺帝的妃子，史书为了避讳这一点，所以都没有记载。然而《广阳杂记》本来就是一部记叙佚闻趣事的书，作者刘献廷也说这是他听到的古老传说，没有指出确实的根据，它很可能是洪吉喇氏之说的另一个版本，因而也是不足为信的。
这样，明成祖朱棣的亲生母亲就集中在马皇后和 妃李氏身上，这也是目前争议的焦点。那么到底哪一个才是真的呢？虽然第一种说法来源于《太祖实录》、《太宗实录》、《明史》等正史，但是大多数学者却认为并不可靠，因为朱棣曾经下令修改过国史。
