可是当康熙得到消息后。一怒之下，杀了在北京做人质的吴三桂的大儿子吴应熊、大孙子吴世霖、和硕公主及其全家，噩耗传来，吴三桂在万分悲痛之后，决定讨伐清政府。事后，康熙王朝为掩饰自己的错误，反复声称吴三桂反叛早有预谋。
清王朝建立之初，根基未稳，尚需明朝降将为之平定镇守南方，并且满清八旗军兵力有限，入关后，面对义军与南明政府的反抗，不得不仪仗前朝降官降将，因此三藩势力逐渐养成，他们即是清朝最为有力的左膀右臂，同时也是皇室最大的心腹之患。
满清入关后，经过二十余年的抗战，终于肃清了义军势力，南明政权也彻底垮台，而清王朝的军事布局也急需调整，满清八旗军主要阵营在北方，以保卫京师以及镇守重要关口城池，而藩王势力主要分布于南方，吴三桂驻兵云南，尚可喜驻军广东，耿精忠驻兵福建，以此三藩力量最为强大，而这其中属吴三桂的势力最难控制。
吴三桂自始自终对于清王朝的态度都极为跋扈，其率领的将士皆为死士，军事实力极为雄厚，兵数高达十余万，因此清王朝对其势力极为忌惮。
康熙十二年，清朝势力厚积薄发，颁发削藩诏令。吴三桂表面上接受，暗帝正筹划着反清大计，一场耗时耗力的拉锯战因运而生。
康熙十七年，其余藩王势力接连投降，仅剩下吴三桂割据云南一隅之地，大局已定，吴三桂已无力回天，此时的吴三桂也已年近六十七岁，面对着日益雄厚的清政府，积郁成疾，在其部下死党的劝慰下， 建国称帝，已了心愿，同年入秋，抱病而逝。
三番之乱在吴三桂去世两年内平定，清王朝在康熙的治理下最终完成统一。平定三藩之乱历时八年，换句话说康熙打吴三桂打了八年，足见吴三桂势力的根深蒂固。
吴三桂晚年称帝算是其一生中最大的失败，也使他成为了历史上称帝最为荒诞的一位。自古成王败寇，建国称帝之人必定在其势力顶峰之时，拥有宽广的领土，兵力财力鼎盛，才会顺应民意，建立政权，而吴三桂恰恰是在其势力急转而下之下，勉强称帝，更像是在晚年聊以安慰，随性而为。吴三桂晚年在衡阳继位，头戴珠冠，身着红袍，行至天坛，举行祭天大典，然而准备仓促，礼制不全，仪仗简陋，再加上天公不作美，典礼最后下了场漂泼大雨，群臣扫兴，典制草草收场。
例数吴三桂这一生，似乎眼前永远都有一个过不去的坎，而他在这中间兜兜转转，不能审时度势，看清历史，顺应潮流，终将自己的命运迷失在这雾霭之中，成为了历史的负面人物。
