他先是派兵进抵开封，软禁了周王朱肃，然后将其废为平民；接着又发兵湖南、湖北除掉了岷王朱便、湘王朱柏，此后，又先后将齐王朱博、代王朱桂等人囚禁。建文帝厉行削藩，地方藩王纷纷被削夺爵位，抑或被废为平民，抑或被禁为囚徒。一时间闹得是沸沸扬扬，怨声载道。
这一措施严重损害了地方藩王们的切身利益，几乎所有的诸侯王都对此不满，尤其是手握重兵，觊觎帝位的燕王朱棣。燕王朱棣早就有起兵反叛，夺取帝位之心，只是苦于没有很好的借口，这次建文帝削藩弄得天下诸侯怨声载道。这对阎王来说简直是一个千载难逢的好机会。
建文元年（1399年）七月，燕王朱棣以清君侧为借口发动了"靖难之役"。虽然名义上是要帮建文帝清除身边的奸臣，其实际上起兵反叛。燕王起兵之后，建文帝马上慌了手脚，急忙征调各地方的军队入京勤王。但是，由于建文削藩以来，地方诸侯已被他得罪殆尽，所以，地方诸侯纷纷投向燕王帐下，背叛建文。
建文帝手下的文人不少，但没有多少可以带兵打仗的将帅之才。心腹齐泰、方孝孺等人也都是文人腐儒，虽满腹经纶，但也没有什么用处。就这样，燕王的军队没费多大的力气，很快就打到了南京城。建文帝见大势已去，下令火烧皇宫。燕王朱棣攻入皇宫之后，没有找到建文帝，便命人仔细搜查寻找建文。
宫里的太监说说建文帝在万般无奈之下，跳入火中自焚了，并从火堆里找出一具尸体指认说是建文帝。朱棣假惺惺的痛哭一番，说自己只是要清理奸臣，并不是要皇上死。然后，以皇帝礼将其厚葬，但是，在正史的文献中，却没有任何有关建文帝陵寝的记载，而且后来的崇祯皇帝也曾亲口说过建文无陵。
那么靖难之役后，建文帝朱允炆到底是生是死，生的话去了哪里？死的话尸体又如何？废墟中的那具焦尸到底是否就是建文帝，建文帝到底死没死，没死的话他又逃到了哪里？对于这一系列的问题，朱棣本人也持有怀疑，后世史家和民间传说更是众说纷纭，离奇万分。
一种说法认为，建文帝并没有死，而是逃出南京，到了贵州的一个寺庙当了和尚。据说，在燕王朱棣围城之后，建文帝叫天天不灵，叫地地不应，为防被俘受辱，建文帝决定自尽殉国。这时，突然有一个太监跑了过来，他告诉建文帝，太祖皇帝临终前曾经交给他一个密匣，并叮嘱他如果皇上遇到危难，可以打开匣子。
