但是他又面临另一个问题，李时珍的书中有对当时封建的长生之术有讽刺，对“水银”的正解得罪了当地很多达官显贵，因此当地的出版商都不敢去印发出版。而李时珍为了书籍出版也费了很多心力，那是李时珍已经七十多岁还四处奔波，希望能让书籍尽早出版，但未得到解决。
李时珍也因为奔波劳累而病倒，加上李时珍早年过于为了采集药材过于劳累，身体一直有落下病根，最后因病逝世。李时珍救助了所有人但是却没有将自己治好，但是在李时珍生活的年代，能活到七十多岁算是高寿了。回顾一生，李时珍能够取得这么大的成就其实也是经历了一波三折。李时珍一开始并没把从医当成自己的理想。
李时珍的父亲与爷爷都是相当不错的医生，他们都希望自己家里出一个读书人，希望有一个人能够通过科举考试考取功名，走上仕途，不再行医。可是这个希望一再地落空，最后他们都把希望寄托在李时珍身上。然而令人遗憾的是，李时珍只考中秀才，之后每次都以落榜告终。
据记载，李时珍考中秀才后还参加过三次乡试。第一次参加乡试是在他17岁那年，地点在武昌。因为患有眼病，加之紧张，可能复习也不到位，三场考试过后，最终他名落孙山。落榜后的李时珍读书更加刻苦，不久他娶了一个大户人家的小姐吴氏为妻，妻子并未反对他考取功名，还经常鼓励他。
公元1537年李时珍第二次参加了在武昌举行的乡试，这一次，他再次榜上无名。要不要再考呢？这时的李时珍有些犹豫，开始思考这个问题。然而父亲李言闻却极力主张并支持儿子继续考下去。为了不辜负父母的希望，李时珍决定再考一次。这时的李时珍不但体弱多病，而且有较大的心理压力，幸好妻子吴氏悉心照顾，才帮他慢慢地缓解了压力。
3年后的秋天，他第三次来到武昌参加乡试，再次失败。从此，李时珍对科举考试失去了兴趣，甚至对此产生了一种恐惧心理。也是从这时候起，他暗下决心，不再参加乡试，跟随父亲学医。其实每个人的人生都不可能一帆风顺，即便是成功人士也不例外。
