有些人认为，阴阳眼的现象来自精神分裂症或其他精神疾患造成的幻觉和妄想。由于十分逼真，使得看到的人能十分具体地描述，取信于人。
也有人认为阴阳眼源于眼球疾病邦纳症候群。有些人的视网膜失去了一部分的视物功能，那一部分的眼球便出现了幻觉。但是这些说法并不能够解释，为什么两个有阴阳眼的人，在未交流的情况下会看到同一样东西。
上古时期的人与现在的人不同，他们相对来说较为平均，也就是说他们既能看到仙人，也能看到魑魅魍魉，山海经中人与神灵非常亲近，这里说的魑魅魍魉并不全部有害。
而随着工具的出现，人的器官也在逐渐退化，一些本能也就随之消失了，其中以直觉为最快，其次就是视觉。可以观察万物的视觉消失的很自然，并没有对人有太大影响。可是这并不代表就再也不能有人看到神灵或魑魅魍魉了。
阴阳眼是先天疾病的一种，主要病因是因为患者体内的五行偏奇，或五脏有先天缺陷。其症状主要是没有时间、地点限制的见到一些模糊的非人、产生强烈的幻觉；身体虚弱、容易招惹非人、患有先天的一些五脏缺陷。以上条件中具备四条以上的才是真正具备阴阳眼的病人。
