第三，取出内脏。胃、肠、肝、肺是在肚皮左侧切口取出的。后有棕油作清洗液，洗净胸腔腹腔。以上器官时而被整齐地包在松脂团里放入木乃伊的腹中，时而分装在有盖小罐里，再放罐入腹中。小罐从古王国到新王国越来越复杂。
开始是些简单的罐盖，中王国时出现有人头形的罐盖。第十八王朝早期，罐盖由神像“荷拉斯的儿子”们守卫着神圣的内脏四器官。但古埃及有忌讳取出心，他们把心看成是智慧的象征，想方设法将其留存在体内。新王国时期的《亡灵书》中就有三个值班人轮流值守心的记载。
第四，脱水。这是很重要的干燥程序。工匠们先填进用布包的泡碱和其他临时填充物，然后把它置于干燥的泡碱粉里约40天，待吸干了水分后，取出里面的填充物，改放用碾碎的没药、桂皮、泡碱、锯末等填充的布包，最后细心地缝上切口，贴上一块画有荷拉斯眼睛的皮，因为古埃及人想念这种皮有强大的愈合力和保护力。
第五，化妆整形，木乃伊的皮肤为了保持其柔软性，于是选择性地涂上牛奶、葡萄酒、香料、蜂蜡、松脂和柏油混合物，给皮肤美容。木乃伊的眼睛则用亚麻和石头填上，非常生动、形象。干尸上最后涂一层松脂防潮，化妆师还在木乃伊的面颊上扑上一层胭脂红，头上戴好编辫的假发套，穿好衣服，配上最好的珠宝。
第六，完成这一切耗时大概40天，接下来用尼罗河水将尸体洗净并填充尸体。用尼罗河水洗干净对古埃及人而言象征着太阳从尼罗河上升起以及泛滥洪水退去。用树脂浸泡的亚麻布填满脑腔，再把腹腔中的临时填充物取出，用装满木屑的亚麻布袋、或用树脂浸泡的药填满，填满后将腹部的切口缝起来。
鼻孔也要堵住，通常还会在眼皮下垫上亚麻布，放洋葱也是可以的，弄好之后再尸体的表面搽上一种杉树油、蜡、泡碱和树胶的混合物并撒上香料，最后整具尸体用熔化的树脂涂满，以收住毛孔和保护表层。
