考古学界对玛雅文明湮灭之谜，提出了许多假设，诸如外族入侵，人口爆炸，疾病，气候变化。各执已见，给玛雅文明涂上了浓厚神秘的色彩。为解开这个千古之谜，20世纪80 年代未，一支包括考古学家、动物学家和营养学家在内的共45名学者组成的多学科考察队， 踏遍了即使是盗墓贼也不敢轻易涉足的常有美洲虎和响尾出没的危地马拉佩藤雨林地区。
这支科考队用了6年时间，对约200多处玛雅文明遗址进行了考察，结论是:玛雅文明是因争夺财富及权势的血腥内战，自相残杀而毁灭的。
玛雅人并非是传说中那样热爱和平的民族，相反，在公元300--700年这个全盛期，吡邻城邦的玛雅贵族们一直在进行着争权夺利的战争。互雅人的战争好像是一场恐怖的体育比赛:战卒们用矛和棒作兵器，袭击其它城市，其目的是抓俘虏，并把他们交给已方祭司， 作为向神献祭的礼品，这种祭祀正是玛雅社会崇拜神灵的标志。
玛雅文明从公元9世纪开始逐渐失去光彩，西班牙殖民者的入侵又给了后古典期支离破碎的玛雅世界最后一击，支撑文明体系的精神世界和记载它们的书籍失落。在战争中仅剩下很少的玛雅人，然而现在仍有将近200万玛雅人生活在祖先的土地上，使用着近25种玛雅语，但是他们对过往的历史几乎一无所知。
甚至有人说，有关古玛雅人的上述消失之谜都是现代人类猜测的，因为只是猜测，所以没有证据。有人干脆断定，古玛雅人的消失是太空移民，而部分人放弃城市回归原始，是改造新原生态星球的需要，或者是因长途旅行非常艰苦而留下的人群。由于太空移民的距离遥远，对人员数目和素质也有要求，所以不得不留下一少部分人。
据资料显示玛雅人是一个十分古老的民族，大约10000年前，即刚刚结束上一个冰河时代时，第一批人迁移到这片土地上，也就是现在的拉丁美洲。他们从北方迁移到这里，构成了后来的玛雅领地，现在的整个尤卡坦半岛、危地马拉和伯利兹全境以及洪都拉斯、墨西哥和沙尔瓦多的部分地区在那时都属于这片土地。
