在北纬14～20°及东经110～120°的范围内，水色深蓝，透明度25～30米，最大35米，为南海高透明度区。北部湾及暹罗湾的透明度为5～20米，其分布趋势是由湾顶向湾口逐渐增大。
透明度及水色也存在着明显的季节变化，冬季海水冷却下沉，对流混合强烈；加之风大，浪大，水层不稳定，海水变浑，水色低，透明度小。
夏季因海水增温，垂直稳定度增大，水色和透明度都比较高。至于河口地区，一般在江河入海径流小的枯水季节透明度较大；洪水时期则相反，水色、透明度均比较低。
东海海水较混浊是因为东海位于太平洋东缘,风浪大,再加上有黑潮和我国的沿岸流的影响,大的风浪和流动的海水经常搅起海底的泥沙.再加上长江,钱塘江等。
东海沿海的悬移质主要来源于长江流域，钱塘江流域的水土流失，且的直径较小（D50在0.006mm左右），且近海深度相对较浅，洋流活跃，所以悬沙沉淀比较困难。稍远离近海，海水就会出现蓝绿色以及深蓝色（可以看到明显的分水线）。
