马来大狐蝠主要分布在东南亚地区，通常是以几只甚至是几千只群体栖息，日落之后便开始集体觅食，以果实为食与花蜜为食，以红毛丹、无花果和兰撒果树的果实为食，也吃花蜜和花椰子、榴莲树的果实，与此同时它们也是花粉的主要转播者。
如今野外的果树越来越少，更多的是人工种植的果树，所以马来大狐蝠会给当地的果农带来一定程度的损失，于是它们就变成了果农的天敌而遭到捕杀，还能卖个好价钱。
野外的资源变少，偷偷吃人类的东西又会被捕杀，这种情况导致马来大狐蝠的数量越来越少，面临灭绝的危险，专家们更是提醒人们采取措施保护这一珍稀动物。
在马来大狐蝠的主要栖息地马来西亚，几乎各个地方都可以合法猎杀马来大狐蝠，每年被捕杀的数量更是达到了50万只，科学家估计以这种速度下去，马来大狐蝠将在80年内从地球上灭绝。
