亚马逊河上游约长2500千米，分为上、下两段。上段长约1000千米，落差达5000米，山高谷深、坡陡流急，形成一条系列急流瀑布；下段为两条巨大支流注入亚马逊河的两个河口之间的河段，因为进入亚马逊平原，流速缓慢、曲流发达，至末端河宽约2000米。
亚马逊河中游流经秘鲁、哥伦比亚、巴西、全长约为2200千米。在巴西北部， 亚马逊河水深45米，河宽3000米，流速缓慢；河中岛洲错列、河道呈网状分布，两岸河漫滩宽30～100千米，地势低下，湖沿密布，排水不畅；河流两侧支流众多，都发源于安第斯山东坡，呈羽状分布。至中游末端，河宽至11千米，河深99米。
下游长达1600千米，时而水深河宽，两岸阶地分明，地势地低平，河漫滩上水网如织，湖泊星罗棋布，时而水面紧束，水流加快。入海河口宽达330千米，大西洋海潮可溯河直上，最远可深入1600千米。亚马逊河水系跨赤道南北，终年高温多雨，物种丰富，淡水鱼类多达2000余种。
还有海牛、淡水豚、鳄、巨型水蛇等水生动物。流域内大部分地区覆盖着稠密的热带雨林，植物种类繁多，矿产资源丰富。
亚马逊河流域地跨赤道，由于赤道附近多雨地区，亚马逊水量终年充沛，亚马逊河口年平均流量为每秒22万立方米，年降水量多在1500毫米以上，并有安第斯山冰雪融水补给，水源供应充足。
流域内降水季节变化较小，加以南、北流域雨季错开，主流水量在不同时期得到补偿，变化幅度和缓，洪水期与枯水期平均流量比率为五比一，体现了赤道型水系的特点。
主流洪水期大致始于10至11月，次年3至6月进入最高洪水期，6月以后逐渐减退，至9月最低。个别年份因雨季变动而使南北支流洪水同时发生，主流便出现特大洪峰，如奥比杜斯附近曾记录到每秒280000的流量。
由于中、下游平原地势低，河流比降微缓，流速较慢，一到洪水季节河水宣泄不畅，水位平均上涨幅度9米多，洪泛宽度25至80公里，河口地区可达240公里，呈现一片汪洋，因此亚马逊河素有“河海”之称。
