秦琼是否参加玄武门之变存疑
玄武门事变秦琼是否参加还未可知，《旧唐书》写到秦琼参加了，可其他史书列举的参加者名单都没有他，也没见到在正史里写他在事变中做了什么，说了什么话。
事变前，秦琼的功业、勋爵、职位、赏赐均高出敬德等人很多，但是事变后的功臣封赏他只有700户，比长孙无忌和敬德等的1300户差很多，比参加事变的张公谨、侯君集都低。
这是很奇怪的。所以有人认为他可能被调到军营，因为他和程咬金都被李元吉列为出征突厥的名单。若设想成立的话，就可以知道为什么后来敬德的为什么会因为功高而凌烟阁排名靠前了。
有人认为，“玄武门之变”从策划到发生这段时间，一定是秦琼一生最为纠结的时刻。秦琼本来不太支持杀掉太子，因此他不会动手，但他也深知自己是无法组织李世民的，因此左右为难。
就在秦琼为难的时刻，“玄武门之变”发生了，木已成舟。不过魏征曾评价了秦琼在“玄武门之变”前表现反常的原因，“秦琼是国之栋梁，是社稷之臣。是良臣而不是所谓的忠臣，他是忠于国家，忠于社稷，而不是忠于个人。”
