张居正希望万历成为一代为民造福的“圣君”，想融合儒道两家节制君主以达到君臣共治、君民互利。
如他为神宗小时候编写的启蒙读物《帝鉴图说》中就有“天下可以一人主之，不可以一人治之”等，想通过他律来影响皇帝的自律。
而万历帝却没能领会太傅的一片苦心，他脑子里只有“天下是我的，我要怎么样就怎么样”。
再次，张居正改革时，打着“法祖”的旗号，也就是借助祖先威势推行改革。他所绘制的蓝图，只是在大明开国之初的法制基础上，对某些法制法规实施改进，以调解矛盾，缓解危机。
实际上，这种改革并没有触及利益的根本，不可能得到社会各阶层的民众全力支持。
如一些文人在书院中讲学、发表政见、抨击时弊成为时尚，这对于专制集权的朝廷，无异于离心之力。万历八年，张居正以严令拆毁天下书院，禁止讲学，消弭闲言浮议，实行思想一统。
张居正在位时，那些豪强权贵摄于权威，不敢造次，一旦他们认为的权威不见了，就会群而攻击。
