黄巢极端的复仇心理也促使他在战争中对社会不加选择地实施了破坏政策，879年，在攻占广州后制造屠城血案、劫掠财货，屠杀回教徒、基督教徒、犹太人及平民共12万人。公元880年攻陷长安，自立为帝，但他从当上大齐皇帝的那一天起便沉溺在了掩耳盗铃式的帝王梦中，整天沉浸在宫中，过着淫乐生活。在长安坐皇帝时有人题诗讥讽，因为查不出作者索性把长安城中3000多无辜的儒生都砍了头。
黄巢称帝后，士兵则如同明火执杖的强盗一般在长安街头杀人越货，争抢美女，殴打平民，到处扰民。几个月后，出现粮荒，长安城里一片混乱。小股唐军乘乱攻城，黄巢十分虚弱，立刻带了少数随从逃出城。唐军进城之后，受到长安百姓的欢迎。黄巢到了城外定下神来，才发现入城唐军人数很少，随即反攻入城。重入长安的黄巢，对于百姓欢迎唐军一事恨之入骨，居然下令屠城。将城中男丁杀戮殆尽，来了个“巢怒民迎王师，纵击杀八万人，血流于路可涉也，谓之洗城”，血洗长安城。
这座当时世界人口最多的第一大城市长安，人烟断绝，成为一座空城。后来唐廷借沙陀兵协助攻城，一万多沙陀兵与黄巢十余万人对阵，黄巢一战即溃，只好弃城逃跑。883年4月，黄巢逃出长安之时，下令纵火。这座周、秦以来一直作为首都的古城，有一千五百多年的建都史，当时世界最大的百万人口城市，一炬成灰。从此，这座古城即与首都无缘。安史之乱，安禄山没有毁掉长安，吐藩攻入长安，市区略有所损，敢冒天下之大不韪彻底毁掉长安的古往今来只有黄巢!
更为残忍的是，黄巢在失败前夕包围陈州近一年时间里，采用过机械化方式，将活人粉碎，以人肉作军粮，供应他围城部队，以保证他起义军的战斗力，也是前无古人，后无来者的规模。其骇人听闻的程度，既是中国之最，大概也是世界之最。黄巢所过之地，百姓净尽、赤地千里。《旧唐书》记载：黄巢率领全军围陈州近一年，数百(一说三千)巨碓，同时开工，成为供应军粮的人肉作坊，流水作业，日夜不辍。将活生生的大批乡民、俘虏，无论男女，不分老幼，悉数纳入巨舂，顷刻磨成肉糜，并称之为“捣磨寨”。
陈州四周的老百姓被吃光了，就“纵兵四掠，自河南、许、汝、唐、邓、孟、郑、汴、曹、徐、兖等数十州，咸被其毒。”黄巢拉起的队伍，在行军作战中病死、饿死、战死的总数至少在一百万人以上。他带进长安的几十万人，大部分是饿死的。在黄巢起兵时，中原本是一个人口稠密的地区，到了他败死之时，这里已是纵横千里,全无人烟，一片焦土。后来，黄巢弃城逃跑到山东狼虎谷时，只剩下残兵一千余人，黄巢走投无路，众叛亲离，自杀身亡(一说被他外甥林言所杀)。
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