有人猜想是“玛丽亚”号上突然流行了鼠疫之类的传染病。中世纪的欧洲，鼠疫、霍乱、黄热病、痢疾等可怕的疾病曾有过百年的传染史。这些疾病一直被认为是远航海员的大患。有这种想法也很自然，当时船上的卫生条件极差，缺乏完备的卫生条件来保存饮用水和食品，很容易暴发传染病，常发生全船人员丧命的可怕事件。
“玛丽亚”号上的鼠疫首先在水手中传播，勃里格斯船长知道了疫情以后，试图全力保护自己的女儿、妻子和其他官员，不得不命令堵死水手舱。但水手们奋力反抗并得以突围，反而把船长关在了后甲板的住舱里，并钉死了窗户。
由于绝望，患病的水手们打开了货舱，试图用酒精来忘却对绝症的恐惧，过量的酒精使水手们很快醉倒。此时勃里格斯船长和其他官员通过照明舷窗而逃出了住舱。
由于慌张，即没有带食物，也没有带水，放下了惟一的一艘小艇逃生，最后又被风暴所吞噬。船上的那些水手，当他们醒来发现只剩下了自己以后，绝望至极，为了少受病痛的折磨，全都跳海自杀了。
另一些人则推测说水手们杀死了船长和官员，把他们的尸体抛入大海，然后乘上小艇企图到亚速尔群岛登陆。可一场大风，使得本已被病痛折磨得疲惫不堪的水手们，再也无力应付，全都葬身鱼腹。纽约《时代报》刊出文章，称“玛丽亚·谢列斯塔”号的船长本人患有精神疾病，心理上的严重失衡只有其亲人才有所了解。
船长病情间隙发作，但发作时变得极其疯狂，此时勃里格斯会完全失去理智，连自己是谁都不知道。不幸的是，在当天恶劣的风浪条件下，他的病又发作了，他拿起了自己的马刀，挥舞着砍向一切遇到的人，甚至连他的女儿和妻子也没能幸免。
当他恢复理智时，明白了所发生的一切，他把尸体抛入海里，擦去了痕迹，销毁了船上的文件，但遗忘了航海日志。随后乘上小艇逃走，可最后还是因饥渴而死于海上。小艇一旦无人驾驶，很快因囤积水太多而沉入海底。
英国《海事》杂志的解释是，勃里格斯船长的女儿十分任性和顽皮，她整天在甲板上乱窜，妨碍了水手们的正常工作。只有当海面上出现了一群惹人喜爱的海豚以后，小女孩才被它们深深地吸引而变得安静下来。
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