幸好纥干承基一时良心发现，不忍下手，于志宁才逃过一难。而四子魏王李泰多才多艺，深深得太宗喜爱，两个儿子一比照，高低立分，太宗便起了废立之心。
李承乾知道后，大为恐慌，便勾结汉王李元昌（唐太宗的七弟）、陈国公侯君集、驸马都尉杜荷（蔡国公杜如晦之子）等人，预谋发动宫廷政变，夺取皇位。刚好此时太宗第五子、齐州都督齐王李佑杀掉了李世民派去辅佐他的权万纪，起兵作乱想争夺皇位。
英国公徐世勣前往征缴，李佑兵败被俘，李世民将他赐死于内省。李佑造反一事牵连出太子李承乾的亲信纥干承基（他是侯君集的女婿，也是齐王推荐给太子的），纥干承基为了求生，主动揭发了太子一伙的阴谋，这次计划中的政变因而胎死腹中。太子李承乾被废为庶人，李元昌、侯君集等参与者均被处死。
这时候，魏王李泰开始谋求太子位，太宗也有此意。但李泰为人张扬，不知道收敛，引起国舅长孙无忌、宰相褚遂良等重臣的不满。这些重臣提醒太宗说，若要立李泰为太子，就必须先杀掉第九子李治，否则日后必然会引发夺位之争。
而朝臣均主张立李治为太子，太宗认为九子李治“懦，恐不能守社稷”，心中犹豫不决，烦恼不堪下，竟然有一次抽刀欲自刺，幸好被长孙无忌等人抱住，夺下了佩刀。最终，太宗还是立第九子李治为太子，将废太子李承乾徙往象州（后封为衡山郡王），降魏王李泰为东莱郡王，徙往濮州软禁，以消除隐患。
李治性格柔弱，太宗一直不能放心，随时都要教诲他，李治吃饭时，太宗说：“你知道耕种的艰难，你就常常有饭吃。”李治骑马时，太宗说：“你知道马的劳逸，不用尽它的气力，你就常常能骑它。”
李治乘船时，太宗则说：“水能载舟，亦能覆舟，民犹水，君犹舟，不可不慎。”太宗临终前，将太子郑重托付给长孙无忌、褚遂良，要求二人“尽诚辅佐”，“永保宗社”。太子李治即位为唐高宗后。
长孙无忌以元舅身份辅政，但很快就露出了种种弄权的迹象，甚至不惜制造冤案以铲除异己，吴王李恪便是其中的牺牲品。
吴王李恪为太宗第三子，杨妃（隋朝公主）所生，英俊不凡，文武全才。太宗生前很喜欢李恪，常称其“类己”，一度打算立其为太子。长孙无忌因为是长孙皇后的兄长，“固争，以为不可”。
太宗知道长孙无忌的真实心意，他立即反对是因为吴王不是长孙皇后所生。然而，太宗到了晚年，当时健在的开国功臣已经不多。长孙无忌兼有开国功臣和皇亲国戚的双重身份，威权日隆，已经有左右朝政之势。
像太宗这样雄才大略的皇帝，都无法摆脱当时局势和环境的控制，在立太子这样的大事上，虽然没有被后宫所干扰，却不得不遵从重臣的意见。所谓“形势比人强”就是这个道理，这也是相当值得深思的历史现象。
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