《奔跑吧兄弟》在经过磨合和探索后，已经形成了指挥有序、分工合理、配合默契的工作系统。在指挥系统方面，团队在总制片人下设立了两位总导演，一位侧重于现场，另一位侧重于编剧；之下还有几个副总导演，分别负责统筹、艺人、商务对接、后期等。
在分工上，团队划分为勘景组、编剧组、导演组、摄像组、后期组、制片组。其中，编剧是跑男出现之后浙江卫视才设立的一个工种，由负责编剧的总导演带领。
编剧和导演是分开的。导演更加有精力注重现场的呈现和设置，编剧则侧重编排艺人的整个情感、性格定位和环节内容的走向。
负责写出游戏设定，而和剧情无关。没有剧本，所谓的剧本，只是一个流程，这里面涉及了场地、规则、以及导演发布任务时所要说的话等。
《奔跑吧兄弟》一方面更多的融入了文化元素，打造中国特色的“跑男”文化。西湖、敦煌、乌镇、洛阳、西安、武汉等各地的风土民情在节目中展现，在给观众们带来快乐的同时，也极大地展现了各个地方的民俗风情；另一方面把握受众心理变化，加入社会热点元素。
