但是，偏偏陈佩斯和朱时茂就是不信这个邪，哪怕冒着被“封杀”的危险，他们也要讨个“说法”。后来的发展是，两人虽然赢了官司，法院判“国际公司”败诉，但是这场硝烟尚未结束，陈佩斯和朱时茂面临着的将是更严峻的挑战。
尽管陈佩斯放言“离开中央台，照样能发展”，可离开了央视后，陈佩斯的人生之路也发生了巨大的变化。1999年陈与朱时茂因作品版权问题与央视打官司，却从此被央视封杀长达十六年。被封杀后，陈佩斯只能靠自己不断在各地演出，来维持公司的开支，而他的个人财务状况也常常陷于窘迫。
其实，中国的喜剧电影也是从陈佩斯开始的。1979年，陈氏父子主演的《瞧这一家子》被称为文革后第一部喜剧电影。而同样在1999年，“中国第一部贺岁片”《甲方乙方》与陈佩斯的《好汉三条半》同时上映。
据陈佩斯后来回忆，当时《好汉三条半》的票房每日在20万元左右，但5天之后影片被全线撤出，“而《甲方乙方》却能从圣诞前一直演到春节前，因为出品方、发行方都是他们自己。”在遭遇了不公正的待遇外，陈佩斯从此不再投身电影制作。也因此，我们既无法从银屏上看到陈佩斯的身影，就是在影院中也无法看到陈佩斯的身影了。
在又经历了三年的沉寂之后，陈佩斯开始了又一次转型。话剧舞台成为他新的人生起点。，2001年他和他的公司推出了话剧《托儿》，这依然是一部喜剧作品。自此之后，陈佩斯就和他的话剧开始结缘。有一些文学作品称，陈佩斯在后来穷困潦倒时，在其妻子的安排下，不得不在深山承包了万亩荒地。
