然而随着漫改电影和特效电影的兴起，大牌影星的影响力越来越小，电影公司对他们的需求也减少了。比起其他当年的一线，阿汤哥要好过得多，《碟中谍》系列依旧坚挺，但他也有《遗落战境》这样票房折戟的作品，之后他可能很难再在其他电影里获得同样的掌控权。但《新木乃伊》显然成了反面教材。
汤姆·克鲁斯在《新木乃伊》制作期间俨然是剧组的老大。据悉，环球决定启用艾里克斯·库兹曼来执导这部大制作很大程度因为有阿汤哥对他的加持。阿汤哥答应出演《新木乃伊》后，向环球力挺导演候选名单中的库兹曼。库兹曼曾经为《碟中谍3》撰写剧本，与阿汤哥之间存在良好的合作关系。
由于库兹曼此前从未操刀过商业大制作，《新木乃伊》片场里阿汤哥更像是真正的导演。内部人士向《综艺》的记者透露，阿汤哥经常会控制重要动作戏的拍摄，制作细节也会由他说了算。
《新木乃伊》最初的剧本故事由乔·斯派茨创作，他此前的编剧作品还包括《奇异博士》与《普罗米修斯》。阿汤哥加盟之后亲自招来与他合作过《侠探杰克》、《碟中谍5》等片的克里斯托夫·迈考利与迪伦·库斯曼重新改写剧本，将自己在片中扮演的角色尼克·莫顿塑造的更加有“汤姆·克鲁斯范”，与原始剧本里莫顿是个年轻人的设定相去甚远。同时重新改写的剧本将阿汤哥的戏份大副增加。
在最初的剧本中，莫顿与木乃伊女王的戏份是五五开，而上映之后的电影里莫顿却是不可动摇的故事核心。新剧本还给阿汤哥加入了很多邪灵附身这种强烈戏剧化的桥段，据说虽然环球的高层对这版剧本并不满意，但还是同意了按照阿汤哥的设想去拍。
影片的艺术指导弗兰克·沃尔什（《猎神：冬日之战》、《沉睡魔咒》、《权力的游戏》）谈起《新木乃伊》时表示汤姆·克鲁斯的加盟就是影片制作的分水岭，“这部电影可以分成两半：前汤姆时期和后汤姆时期。我听说他会推动每一件事情，不断推进再推进。和他共事非常棒。这个人是一位伟大的电影人，懂得自己的工作。
