在《猩球崛起3》中，恺撒率领黑猩猩们与人类进行了你死我活的战斗。故事更是展现了恺撒灵魂中最黑暗的角落：他如何面对自己最危急的关键时刻，以及一段道德拉扯；他怀疑自己的原则以及与人类和平共处的希望。
战争的恐惧蔓延至他自己的家族之际，恺撒所面临的不只是与人类的战役，也是一场自我的内心交战。
猩猩经历内心交战，观众也会和自我斗争。片中感染了病毒的人类丧失了语言能力，如果不能遏制病毒蔓延，全人类将失去语言和思考能力，地球将为猩猩主宰。
片中的反面角色“上校”是个囚禁、奴役、杀戮猩猩的恶魔。然而，当他与猩猩首领恺撒面对面时，却展现出了“大义凛然”的一面，他是为了拯救人类啊。
从故事的梗概就可以看出，在以往两部之中与人类关系紧密的凯撒由于受到了重创，已经变成了一位冷酷无情的领袖，面对曾经他熟悉的人类也不再心慈手软，甚至想要彻底消灭人类。
实际上，这种冲突从本系列的上两部电影中就可以看出端倪。第一部里凯撒的内心有了从人到猿的觉醒，他既是原生家庭的一分子，同时也是猿类的领袖。
