以下是《使徒行者2》大结局的剧情介绍：
2010年，卓凯(苗侨伟饰)神秘前往泰国曼谷，与潜伏在当地的香港CIB卧底进行打击泰国毒枭的行动。就在众人完成任务即将撤离泰国之时，一场爆炸令卓凯手下卧底全部葬身火海。
与此同时，卓凯好友兼CIB督察黎瑞权(张兆辉饰)原因不明地被杀害，留下一个还未正式成为卧底的女警郑淑梅(黄翠如饰)由卓凯接手指导。
卓凯知道瑞权手下还有其他身份被删除的卧底，要还原瑞权之死的真相，必须将卧底全部找出来，卓凯与淑梅开始寻找卧底的工作。
另一方面，“长兴”坐馆魏德信(陈豪饰)打算重建帮会，对字头里的叔父辈赶尽杀绝，覃欢喜(许绍雄饰)虽逃过一劫，爱妻却死在他怀抱中。
事后欢喜潜入警署，删除自己的卧底档案，彻彻底底地沦为黑道中人并成立新字头“福和”，誓要与德信拼个你死我活。
卓凯和淑梅陆续确认了乐少锋(周柏豪饰)和徐天堂(袁伟豪饰)的卧底身份。为了尽快寻回其他卧底，卓凯更亲自潜入长兴，遇到专门替德信处理黑钱生意的施嘉莉(宣萱饰)，从而更深入发现犯罪世界的另一面。
