吴君如虽然有过几段恋情，但是就只有一个老公——陈可辛。吴君如跟陈可辛的相处模式也相当有趣。
吴君如在《洪兴十三妹》中表演得游刃有余，被赵良骏导演称赞为“女周星驰”。也就在此时，陈可辛和吴君如因该片相识并走到一起，谈到各自的情感经历，两人都很感慨，关系也更进一步。
1998年10月，陈可辛与吴君如的事业均步入快车道。陈可辛导演的《甜蜜蜜》夺得香港电影金像奖最佳导演，而吴君如凭着《洪兴十三妹》赢得香港电影金像奖、香港电影评论学会和香港电影金紫荆奖的三料影后。
后来，两人一起庆功，而陈可辛借机向吴君如表达了爱慕之意。其实当时的陈可辛其貌不扬，追求过数位女演员均遭拒绝。自从和吴君如相识后，两人因为兴趣的相同，特别的投缘。
同内地影视界中众多的“夫妻店”不同，吴君如和陈可辛虽然相恋多年，并生育了一个女儿，但两人从未真正合作过。
她们唯一的一次合作是电影《金鸡》，吴君如是女主角，陈可辛是监制，两人从未在同一部影片里作为主演和导演出现过。至于不合作的原因，吴君如的解释别有意思，他说合陈可辛合作太难了，会逼人到发疯。
“真的很难的，因为我跟他合作过那个《金鸡》，他不是导演，已经逼到我疯了，你懂我意思吗？”
“他已经，逼到人疯了。我就在现场跟他翻脸很多次，我常常问他，你要求，你要求什么？我不懂啊，你教我吧。他是逼到你到一个疯的地步的导演，我觉得好多导演都是这样。他有自己的想法，有自己的一套。”
陈可辛也很少利用吴君如在内地的知名度来做宣传，对他们两人而言，彼此或许更多的是伴侣，而不是导演和演员。
内地80后女演员田朴珺在微博上发表长微博表示自己和陈可辛是闺蜜好友，并且讲述两人之间几乎无话不说，而内地的媒体也在不断的报道关于陈可辛出轨的事件。
此事传到香港吴君如耳朵里的时候这个泼辣的女星也当场回应“不用理会什么闺蜜还是龟蜜，反正我知道他的财产和心归me，哈哈哈”。
这样霸气自信的回复很难让人不佩服，而陈可辛也当众表示自己并不认识什么田朴珺。这样夫妻双剑合璧不怕小三从中作梗。
跟黄秋生一起演《狂揪夫妻》的时候。她回忆起10多年前曾对陈可辛吵架，她说：“拍拖时候，讨论一件事，大家价值观不同，他做知识分子，我吵他不赢，就在酒店发脾气反枱，还大力关门走了，是最刁蛮、粗暴一次，当时他看见这样应该甩掉我，哈哈，但他反而哄我开心。”
吴君如笑着表示现在相处，尽量不会伤害对方：“如果火起，要想如何收科，不会太激，担心回不了头。”
