该剧大胆调换人物视角，主角不再是“诸葛亮”“刘关张”等“传统英豪”，而是以过往三国题材中存在感孱弱的汉献帝刘协及东汉王室为中心，铺陈叙述东汉末年的皇权变迁史。
“三国”题材一直备受影视剧的青睐，在此前的作品中，多展现英雄人物的一生，而这次的《三国机密》，可以说是一部青春版的“三国”。
故事是以双胞胎交换身份作为开始，从而奠定了该剧的神秘色彩。在刘协生病后，让弟弟刘平扮演自己，来与曹操对抗，找机会振兴皇室。刘平努力不让自己暴露身份，并且和想要揭穿他身份的曹操一方斗智斗勇。
因此，和那些宏大战争场景的影视剧比起来，《三国机密》更像是一部古装的谍战剧。
一人分饰两角的马天宇表示，“因为这个角色是对我哥哥，我要演我哥，所以我是没有一个参照物的，这个参照物只是其他演员，伏寿一直跟我说，我哥是一个怎么样的人，我要怎么样去演好我哥。”
