在秦明等人通过犯罪行为、笔迹等手段分析“清道夫”其人时，又一件别墅灭门案发生，秦明、林涛、陈诗羽三人合作，完美还原犯罪现场，冲破罪犯织就的迷雾，将罪犯绳之以法。
与此同时，“清道夫”通过公开自己此前的犯罪视频，为自己打造“惩罪”的标签，网络讨论愈演愈烈；“黄金三人组”在重重舆论压力之下继续追查，却迎来又一起“清道夫”迷案……
长达两小时的剧情里，案件套案件，环环相扣的烧脑剧情让观众感觉时间不知不觉过去了，情节率设节点，悬疑再生，吸引观众想要一探究竟。
画面方面，较之第一季，第二季更注重写实风格，大量采用实景搭建，令场景更为逼真；电影级手法拍摄，画面构图、色彩都极富质感。
第二季做足情感戏，增加善良温柔的法医助理陈诗羽、秦明初恋女友这两个重要女性角色，让整部剧更增一种柔软的力量。
而曾经在第一季被网友吐槽的“工作环境太好”、“摸完尸体的手扶眼镜”等错漏画面也不复存在，从秦明办公室、法医解剖室等场景真实性，到演员演绎的严谨性，都有了明显提升。
时，为了使案件剧情更加反转烧脑，法医戏更好看，编剧何凌介绍，这部戏创作剧本的过程也十分痛苦，除了要查阅相关资料，还要向法医行业的专家进行深入采访，有时候写剧本到深夜甚至把自己吓得不敢睡觉。
刑侦剧在当下已经是热播题材，不少平台都有类似剧目出现，然而说起《法医秦明2清道夫》，编剧何凌直言这部剧最大的亮点其实是正义之战包裹下的法治精神，这在当下的社会中更加有深刻的现实意义。
