在那里出现了从属于指挥全国公安警察、俗称为“零”的警察厅秘密组织的安室透的身影。
根据现场留下的作为证据的指纹，犯人被断定为曾在警视厅就职的毛利小五郎！柯南之后听说了过去安室曾将嫌疑人逼至自杀的奇妙案件。
随后在决定起诉小五郎的时刻，在戒备森严的东京都内，同时爆发了多起难以理解的恐袭，柯南和公安警察正接近着隐藏在案件后的阴谋。
制片人诹访道彦在采访时表示，在本次剧场版中，安室的“正义”与柯南的“真相”，因两者对待“善”的原则不同，将会发生非常激烈的火花。
而且作为三面间谍的“安室”将于此电影中直接的展现他是什么样的人，可以帮助新老观众更好的理解这个角色。
除此之外，整部剧场版的台词全都由原作者青山刚昌亲自过目，并称“请不要听漏任何一句话！绝对会震撼心灵的！听漏了，就亏大了！”
