大明年间，皇帝携水师入南洋，却被水师提督刺杀于海上。目睹了全程的太子建文带着传国玉玺，驾驶航速最快的青龙船出逃，自此不知所踪。
四年过后，大明另立新帝，太子建文隐姓埋名，在泉州港以鉴宝为生。就在这里，他遇到了携带海沉木的日本少女百地七里，被卷入了少女和日本阴阳师的战斗。
在搭救蒙古水师提督腾格斯后，三人为了逃命，启动青龙船，离开泉州，开始了一段寻找佛岛的海上冒险。
《四海鲸骑》整本书的风格类似于《海贼王》+《加勒比海盗》，但内容上充满东方气息，可谓是天朝版的《海贼王》。马伯庸本人表示，故事的创作初衷很简单。
因为中国是大陆文明，关于海洋的传说相对边缘化，因此他就一直在思考，如何把对大洋的想象和中国文化结合在一起。
据悉，考虑到《四海鲸骑》所要体现的中国古代海洋精神和大国意识的内容核心，在动漫项目正式开始前三个月到半年的时间，前期制作人员与小说作者做了大量的沟通。
并查询了相关史实，就小说设定进行了合理的调整，希望在动画中呈现出具备鲜明特色的战舰和人物等的同时，也能够向观众传达出更为丰富和深刻的内涵。
