《金陵十三钗》的结尾是女学生幻想着自己看到了一群女人进入教堂的那一刻。结局到此便戛然而止，那么这到底什么意思呢？
刘恒表示，当初写剧本的时候就没有考虑过这个场景，“我觉得风尘女们上车是真实感很强的结尾。如果再把赴宴那个场景加上，就好像是另外一部作品的开头，而不是这部片子的结尾，反而画蛇添足。
小说中玉墨是十三个女人中唯一活下来的，整容后的她还出席了战后的审判，以揭露敌人残害同胞的事实！
同时，玉墨也她证实了那次高层军官如何分享了她和另外十二个“女学生”：其中有2个企图用牛排刀反抗（从威尔逊教堂餐厅里带走的牛排刀），但反抗未遂，当场被杀害。
其余11个女人在日本军官享用够了后，又被发放到刚刚建立的慰安所，两三年内，相继死去，有的是试图逃亡时被击毙的，有的是染病而死，个别的自杀了。
玉墨的幸存大概应该归于她出众的相貌和格调，享受她的都是中下层军官，因此对她的把守渐渐放松，终于逃跑成功。至于她为什么要整容，答案则非常清楚：她必须换一个人才能生活下去！
据悉，原来的《金陵十三钗》是有另外的结局的。刘恒透露，其实他为《金陵十三钗》写了另外一个结局，贝尔和女学生在一艘帆船上，背景是宗教的歌声。
