黄轩的父亲名黄雁平。和黄轩母亲离婚后去了北京工作（黄轩在后来追忆父亲的文章中说到父亲曾经告诉他，他是因为黄轩才选择离婚，选择去北京工作），任某知名企业中层干部（具体没有八出来）。
于2000年认识常梦，同年订婚结婚，常梦是一名公益事业人员，结婚后不久黄雁平辞去高薪工作和常梦一起做了公益事业，当时他们夫妻接手组建通州关爱中心，2007年7月29日，黄雁平因为工作劳累突发心脏病离世，享年52岁。
2007年12月份在北京人民大会堂举办的颁奖晚会上，黄雁平被颁发评为“2007年中国十大公益人特别贡献奖”。
黄轩小时候父母离婚，妈妈还在广州生活，爸爸在北京又有了新的家庭。平时，和黄轩联系最密切的亲人是奶奶，他经常打电话和奶奶谈心。黄轩说：“有些事虽然老人听不懂，但我就喜欢和她唠叨一下。”
家庭的变故给黄轩最大的感受是，以后要做一个对任何事情都负责的人。黄轩说：“要做一个会调剂自己性格的人，不冲动、不盲目。一旦结婚就意味着责任，男人的担子要顶得住。看准了，就不离婚!”
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