傅维鳞在《明书·懿文太子记》第一百十六卷列传记载：洪武七年，孙贵妃去世，朱元璋要朱标服齐衰杖期，朱标却以其不合礼法而拒绝，气得朱元璋要打他。
朱标身为太子，虽然不被朱元璋看好，但是也曾经帮助朱元璋管理过朝政，在这期间，他虚心纳谏、听取群臣的意见、努力学习，力求能文治天下。只不过他所信奉的亲民政策，在很多时候与依靠戎马打天下的朱元璋相斥，所以朱元璋更喜欢英勇善战的二儿子朱樉。
从另一个角度去看，朱元璋之所以喜欢权力欲望极强的朱樉，一度想立他为太子，可能和朱元璋自己的出身有很大联系，朱元璋出身平民，喜欢打仗。在他心中，男人只有通过战争才能证明自己的生存价值。
据《明史》第一百十六卷列传中记载，洪武二十二年，朱樉被授为宗人令。朱元璋对身体肥胖、多病又是瘸子的太子朱标一直冷眼相待，偶尔还有点厌倦，但是还不至于要了自己儿子的命。
根据《明史》第一百十六卷列传记载，在贪恋女色的明朝家族中，朱标和朱樉对女色的观念倒是一致，都只是一妻一妾，而且妻妾都是帮助朱元璋打天下的元老之女。
朱元璋通过儿女联姻来淡化开国名将对名利的追捧，时刻掌控他们的状态，以防他们联合起来造反，同时从侧面向他们证明了自己是有情有义的君子，兑现当年“有福共享，有难同当”的承诺，三全齐美。从这点可以看出，朱元璋做事滴水不漏，让人无缝可循。他在任时明朝国力强盛、经济繁荣，人民生活也进入了安居状态。
皇帝的喜怒常常牵扯着一群人的命运，稍微不妥，随时都会有人惹上杀身之祸。所谓：“伴君如伴虎”，针对生活在皇帝身边的人来说，一朝君子一朝臣，要想保全自己，就得会察言观色，见风使舵，宦官们更是信奉这句话，即便是皇帝的儿子，这句话也不无道理。
朱标自然也懂，可惜他为人较正值，很反感父亲对朝臣们的酷刑，常谏劝，这点和仁慈善良、以德行天下的马皇后不谋而合，所以年轻时的他虽然做了不少让朱元璋大怒的事情，不过那个时候有马皇后从中调解他们父子之间的矛盾，所以父子关系还不算太差。
国事上有左右丞相李善长、徐达辅佐，也没什么大差错。但是在洪武十五年(1382年)，马皇后病逝之后，他的处境便岌岌可危，很多次都差点丢掉太子之位。久而久之，饱读诗书的朱标似乎也看透了父亲的心思，他渐渐学会了保护自己。
有一次他又惹得朱元璋大怒，当他感觉朱元璋想杀他时，他假意不小心，露出马皇后的画像，朱元璋的怒气顿时烟消云散。从这点可以看出，朱标也算聪明，他深知朱元璋和马皇后患难与共，感情深厚，在关键时候，他借助朱元璋对马皇后的感情让自己逃过一劫。
朱元璋自己没有受过诗书礼乐的教育，但是他很崇尚孔孟之道，年轻时写过不少诗词。登上皇位之后，他认为打天下需要武力，想让天下人服从需要教育，于是，朱元璋大力兴建学校，选拔学官。作为长期接受儒家教育的朱标来说，朱元璋理应不会让一个才华横溢而且知识渊博的人才去死。
况且，朱标还是自己的长子。在封建体制里，继承皇位的第一人就是长子，除非长子早逝，次子才有机会和权利坐上皇位。但是没有朱元璋的呵护，自身处境艰难的朱标无所依靠，只能任人宰割。
综合种种史料查询朱标死的真正原因，极有可能是朱元璋对朱樉的喜爱让朱樉开始觊觎皇位，导致兄弟之间矛盾重重，相互怨恨，生出谋杀之心。虽然《明史》记载朱标乃为马皇后所生，但《南京太常志》和朱彝尊《静志居诗话》卷十三都认为朱标不是马皇后所生。其中《南京太常志》明确指出，朱标和朱樉都为朱元璋的淑妃李氏所生。
据有关史料记载，马皇后只生过两个女儿，即宁国公主和安庆公主。所以，很有可能是为了维护马皇后的尊严和面子，所以有史料说马皇后生有五子二女。但是不管是谁生的，他们都是亲兄弟。兄弟为皇位相争，这一点印证了曹植的那一句“本自同根生,相煎何太急”。
