几年之后，慈安太后去世，慈禧太后得以独揽大权。她还按照自己的喜好调整军机处，将阻碍自己专权的恭亲王奕撤职，另派光绪帝的生父醇亲王执掌军机处。这样，朝廷内外的一切大权，已经全在慈禧太后的掌握之中。
随着光绪帝一天天长大，亲政也逐渐提上了日程。慈禧太后自作主张，将侄女嫁给光绪帝，并明确指出他们的儿子将来就是皇位的继承人。光绪帝大婚之后，慈禧太后名义上交还权力，实际上仍然是幕后的决策者。朝廷内大小事务，大臣们要先向慈禧太后请示，然后才能禀奏光绪帝。
年轻的光绪帝不愿再做傀儡。他暗中在朝廷里培植了一批自己的势力，使朝廷内形成了帝党和后党相争的局面。1895年，中国在甲午战争中战败，大大刺激了光绪帝，他深切感觉到了亡国的危险。再加上康有为等人上书要求变法图强，这位君主动心了，想通过变法改革，摆脱亡国的命运，使国家富强起来。
慈禧太后却是顽固的守旧派。她认为祖宗之法绝不可变，为此还把光绪帝找来，大骂一顿。平常懦弱胆小的光绪帝这次却极为坚决地说：“要是不给我权力，我宁可退位！”慈禧太后没想到光绪帝竟然会以退位来要挟她，考虑后决定妥协。于是，1898年，光绪帝颁布《定国是诏》，开始变法。
然而，朝廷内的守旧势力占了上风。无论光绪帝颁布多少诏书，他们或者置之不理，或者阳奉阴违。光绪帝无奈，只好罢免礼部怀塔布等六位大臣，使慈禧太后感到自己的权力受到了威胁。于是，慈禧太后秘密调集地方军队，驻扎在北京郊区和天津，以防不测。
形势危急，光绪帝找来康有为等人商议对策。他们将求救的目光投向了袁世凯，希望袁世凯能刺杀荣禄、软禁慈禧太后，保住光绪的帝位。谭嗣同自告奋勇前去游说，却没想到袁世凯是个出尔反尔的小人。
谭嗣同刚一离开，袁世凯立刻去天津告密，出卖了光绪帝。慈禧太后马上发动戊戌政变，抓起光绪帝并将其囚禁在中南海的瀛台，同时抓捕维新派人士，在菜市口杀害了谭嗣同等六人，制造了“戊戌六君子”事件。
从此，光绪帝每天除了上朝之外，再也没有自己自由的时间。上朝时，只有得到太后同意，光绪帝才能说几句话，也没有大臣把他的话当真。大家都清楚，这不过是作秀，大权都握在太后那里，太后的话才是圣旨。光绪帝曾经垂泪叹道：“我还不如汉献帝呢！”直到去世，他始终未能摆脱这种囚徒一般的生活。
