康熙十二年，吴三桂等三藩打着“反清复明”的旗号发动叛乱。孙延龄碍于孔家与三藩的老关系，也参加了叛乱，受封临江王。对丈夫的反叛，孔四贞一直持反对态度，认为不仁不义。
因此，她时时规劝丈夫归顺清朝，故孙延龄叛乱不到三年，便表示要投降清朝。这个消息不慎被吴三桂获悉，吴以欲收复广东为名，派其孙吴世琮从云南到桂林，将孙延龄暗杀。孙死后，孔四贞落人吴三桂手中，被拘往云南。直到清军最后攻克昆明，扫平三藩，孔四贞才回到京城，死后葬在京西即现称为公主坟的地方。
孔四贞之所以受到清王朝如此厚遇，其真正原因，是出于清入关后面临的形势所决定的。清王朝从关外起，就重用明末降清的范文程、洪承畴、孔有德、尚可喜、耿仲明等人，封以高官显爵，赐予重禄厚俸，使他们竭诚为清王朝进取中原卖力。
在降清武将中，孔、尚、耿以及后来的吴三桂，力量最强，是清王朝在全国建立政权的依靠力量。当孔有德自焚身死，孔家军遭到李定国大西军重创时，南方还激荡着抗清斗争的风云，存在着永历南明小朝廷，这无疑是清王朝统一全国的严重障碍。因此，清廷仍然要利用吴、耿、尚等降清汉官的力量。
顺治十一年，孔家军的部将线国安、李菇春率军击败大西军，再度盘踞广西。孔四贞就成为孔家军的一个招牌，也是清廷维系吴、孔、尚、耿四家的一条重要纽带。孔、尚、耿三家是世交，他们曾同是明总兵毛文龙的部将，孔四贞又是吴三桂的养女。清政府深知对他们必须持积极、慎重的态度，故而孔有德死后，孔四贞破例由太后抚养，赐封公丰，恩宠有加。
然而当孔家军及其它三藩的作用消耗殆尽，孔四贞的地位也就随之降低了。康熙朝以后，随着政权在全国范围的逐步确定与巩固，清政府对孔家及其它三藩由依靠变为控制。因此当孔四贞举家迁往广西后，清政府便乘势将她的名分由和硕格格降为郡主，并明确规定“下不为例”。就这样，孔四贞成了清王朝二百余年中绝无仅有的一位汉族公主了。
