孔母说她是家长，她该负责，闹得“一门争死”。郡县官吏拿不定主意，只好如实上报朝廷。最后皇帝定了孔褒的罪，下令杀死了他，孔融因此名声大噪。州郡几次辟举他为官，都被辞谢了。孔融于灵帝时“辟司徒杨赐府”，开始步入仕途，负责弹劾贪污官僚。
河南尹何进迁为大将军，司徒杨赐派孔融前往祝贺，却被挡在门外，即时留下弹劾状辞职。何进十分生气，私自派遣剑客要追杀孔融。不料剑客却对何进说：“孔文举名望非常高，将军如果对他动什么手脚，则那些贤士就会离开您。不如趁机宽待他，可以以此来显示您的威名。”
何进忌惮他的名望高，就把他辟举为侍御史，由于和中丞赵舍不和，孔融再次辞官。何进再辟举他为司空掾，北军中侯。在职三日，升迁为虎贲中郎将。后来董卓总揽朝政，想要废掉汉少帝，孔融和董卓展开了激辩，常有正义的言论。董卓怀恨在心，把他转任为议郎，随后又将孔融派到黄巾军最为猖獗的北海国（东汉郡国名，治所在今山东昌乐西）为相。
孔融到北海后起兵讲武，讨伐黄巾军张饶失败后，转移保护朱虚县。后来修置城邑，建立学校，表显儒术荐举贤良郑玄、彭璆、邴原等一些人。他的官声也非常好，当时人们又称他为“孔北海”。后被管亥所围，遣太史慈求救于平原相刘备。刘备受宠若惊，立即发兵解围。
当时袁绍、曹操势力逐渐强大，而孔融料知袁绍、曹操终究是要篡夺汉室的，所以不愿意投靠他们。北海国的左丞相祖者劝说孔融结纳袁绍或者曹操，孔融大为光火并把他杀了。196年（建安元年），袁谭进攻北海，城被攻陷后孔融逃往东山，妻儿被袁谭所虏获。不久，被朝廷征为将作大匠，迁少府，又任太中大夫。
但是孔融性好宾客，喜抨议时政，言辞激烈，他是才傲物，连曹操也不放在眼里。建安九年（204年）八月曹操进攻邺城屠杀邺城居民。曹操的儿子曹丕私自娶了袁熙的妻子甄氏。孔融写信给曹操，说："武王伐纣，把妲己赏赐给周公。"曹操不明白，后来问孔融这出于何经何典。孔融答说："按现在的事情量一量，想当然而已。"
