他被安葬在了一座巨大的陵墓中。这座陵墓在他生前就开始修建，前后共花了39年时间，修陵顶峰时用工达到70多万人，占到了当时全国总人口的1/10！秦始皇陵是世界上独一无二的帝王陵墓，它代表了当时世界上科技的最高水平。据史书记载，项羽带兵进入关中后，先杀了已投降刘邦的秦王子婴和秦王室贵族，然后把咸阳城内掳掠一空。
最后一把火烧了咸阳城。接着，项羽又带兵来到秦始皇陵，命士兵挖掘始皇陵，将陵墓上下所能见到的东西统统运走。当时运东西的人有30万，30多天还没有运完，足见陵中珍宝之富。最后，项羽将不能过走的东西一把火烧了，大火烧了许多天。这可能是秦始皇陵最早和破坏最大的一次劫难。
项羽东撤后，关东的盗贼纷纷涌入秦始皇陵，传说捣毁陵内铜椁以取铜。再后来，传说有一个牧童在此放羊，羊走进了被乱军挖开的地下穴道，找不到了。牧童便拿了一个火把，进入墓穴中去找羊，结果失火，大火烧了90多天。据说，方圆数十里的陵区地面，也随着一些陪葬坑和陪葬墓的坍塌而下陷了好几米。
这样使秦始皇陵的地面建筑荡然无存，地下埋藏也受到一定程度的破坏。这些记载都被当今考古发现所佐证。秦始皇陵发现的陪葬坑、陪葬墓几乎都遇到过被盗和火焚的破坏。经过四年楚汉战争，刘邦打败了项羽，建立了西汉王朝。为了笼络人心，公元前195年，刘邦下令对秦始皇陵妥为保护，安排20户人家住在秦始皇陵附近，作为守陵人看管秦始皇陵。
此后，各朝各代的统治者对秦代帝王陵墓，也都下令保护。宋太祖开宝三年（公元970年），曾令临潼县保护和修整秦始皇陵。已出土的两乘铜车马位于秦始皇陵封土下面地宫西墓道的耳室里。有史料记载秦始皇陵地宫普遭火焚和洗劫，如果真是这样，那墓道旁的随葬品应该首先遭到破坏。
但铜车马出土前没有遭到火焚和其他人为破坏，这也为地宫没有被盗火烧做了一个旁证。十余年来，考古工作者在秦始皇陵封土四周进行了细致的钻探工作，先后打了4万多个探孔。钻探资料表明，秦始皇陵地宫四周均有4米厚的宫墙，宫墙还用砖包砌起来，并且找到了若干个通往地宫的甬道，发现甬道中的五花土并没有人为扰动破坏的迹象。
只发现两个直径1米，深度不到9米的盗洞，但这两个盗洞均远离地宫，尚未进入秦始皇陵地宫之内。此外，秦始皇陵地宫中存在大量水银的事实，更是其未遭到盗掘的有力证据。因为地宫一旦被盗，水银就会顺盗洞挥发掉。由上述理由可以推断，秦始皇陵地宫可能没有被盗。
