然而元朝的张三丰似乎很难确定，《明史·方伎列传》记载：“或言三丰金时人，元初与刘秉忠同师，后学道于鹿邑之太清宫，然皆不可考。天顺三年，英宗赐诰，赠为通微显化真人，终莫测其存亡也。”刘秉忠（1216～1274年）是元代前期著名政治家、文学家、建筑设计家。刘秉忠现存作品较多，但是没有提到“张三丰”这个人。
《名山藏》也说：张三丰曾与刘秉忠、冷谦同师元初著名的海云禅师。清人李西月编写的《张三丰全集·芦汀夜话》里，张三丰自称生于蒙古定宗三年（1248年），曾任中山博陵县令，后弃官出家，做全真道士，在终南山遇到火龙真人，得到真诀。最后在武当山修炼多年。
明朝的张三丰是一名被神化的人物，据说有时候三五天吃一顿饭，有时候两三个月才吃一次饭。精神好的时候穿山走石，累了的时候铺云卧雪。有时一日走千里，“人皆异之，咸以为神仙中人”。洪武二十四年，明太祖朱元璋为了加强对道教的控制，派遣一些道士出使全国各地道观，特意叮嘱使者：“有张玄玄，可请来。”但始终没有找到张三丰。
明成祖朱棣信仰神怪之说，奉祀武当玄帝，而张三丰是武当山最有名的道士，也祟尚玄帝。因此，朱棣想把在民间影响很大的张三丰“延请诣朝”，一方面可以粉饰太平，收买民心；另一方面也可获得仙药，延年益寿。张三丰的弟子众多，散布各地。
明人任自垣的《太岳太和志·张全一传》记载，张三丰在武当山的弟子，有道士丘玄清、卢秋云、刘古泉、杨善澄、周真德五人，各奉师命住一地。《张三丰全集·道派》，张三丰的弟子还有秦淮富翁沈万三及其婿余十舍，以及曾助朱元璋军粮的富翁陆德厚。另外淮安人王宗道，也从张三丰学道，永乐三年命寻访张三丰而不遇，封为“圆德真人”。
明武宗时候的李性之，说在正德年间（1506～1521年），入武当山遇张三丰而得诀，算起来，其时张三丰已二百五六十岁，似乎不大可能。北京白云观抄《诸真宗派总簿》列出奉张三丰为祖师的道派，有王屋山邋遢派、自然派、三丰派、日新派、蓬莱派、檀塔派等17支。
