我以大兵蹑其后，可成擒也。今其奏事适至，宜且与报书，往返逾月，使其将士心懈。我谋定势合，进而蹴之，不难矣。”方孝孺给的策略也是十分完美的，直接攻打燕王的地盘让他回防，同时大部队在后面跟着攻打他们，前后夹击。同时又写下谕旨数千字，内容大概是只要燕王乖乖回去，就既往不咎，派人秘密把谕旨传到燕王的士兵手中，他们一定军心大乱。不过真是天意弄人，拿谕旨的这个人却没有胆子，不敢拿出示人，于是燕王也没有“遵旨”了。
方孝孺有智也有勇，燕王不顾一切打到了皇帝朱允炆身边，当时方孝孺一直要皇帝坚持留守到最后一刻。之后方孝孺被扔进了监狱。在战争前，燕王朱棣身边的姚广孝就跟他说，如果攻克了南京，方孝孺肯定不投降，恳求燕王不要杀了他，否则天下读书人的种子就灭绝了。燕王当时点头答应。然而燕王想到登基，诏书就找来了“读书种子”方孝孺来写。根据《明史·方孝孺传》曰：“诏天下，非先生草不可”。孝孺投笔于地，且哭且骂曰：“死即死耳，诏不可草。”成祖怒，
盛怒之下的朱棣将方孝孺投入天牢，希望这个文弱书生能够在牢狱之中回心转意，朱棣还派方孝孺的故人和门生前去劝说，但是耿直倔强的方孝孺义正言辞的将这些说客骂了个狗血喷头，痛斥他们忘恩负义。身为饱受建文帝重视的臣子，这些人原本应该在燕王入宫之前自绝明志，可这些人都成了贪生怕死的小人，他们为了自己的性命抛弃了道义。
只有方孝孺这个执拗的迂腐的大儒始终感念建文帝的知遇之恩，他作为一代大儒不可能做出有损儒家先贤名声的事来，他自己就是一个注重清名高过高官厚禄的人。万般无奈之下，朱棣想出了一个自以为绝妙的注意，他明知这个儒家子弟心中最是听信圣人之言，而孔子本人最为推崇周公旦。所以，他谎称自己起兵而来只是为了效仿周公旦辅佐周成王。
但是，生撅的方孝孺没有听出朱棣弦外之音，他也不知道这是朱棣给他的最后一次机会，暴躁的朱棣根本没有再等下去的耐心了。方孝孺在朱棣的诏书上写下了大逆不道的“燕贼”，他豁出了性命不顾了。最后，方孝孺质问皇帝：“既然你朱棣要做周公旦，那么周成王现在何处？”朱棣哑口无言，没有办法回答。羞愤交加的朱棣最后一次用亲人的性命要挟方孝孺，他残忍的说道，历朝历代都只有诛九族这个说法，但是现在我将你的门生算作第十族，如果你不愿意草昭，我就将他们全部杀死！
