方孝孺如遭雷击，作为一介儒生，他不了解也不清楚这个军人出身的皇帝的手腕之狠辣。他也万万没有想到，朱棣会用这个来要挟他，心如死灰的方孝孺此刻面临着万般难以决断的难题，是亲族门生无辜的性命重要还是自己所坚持的道义更为重要？
方孝孺选择了后者。没想到方孝孺这么忠诚，宁愿冒犯燕王也不肯动一下笔，因为他打从心底里不认同燕王做皇帝，这是谋朝篡位。燕王大骂说要对方孝孺株连九族，没想到方孝孺仍然大放厥词道：“莫说九族，十族何妨！”株连十族本来没有，不过在燕王怒发冲冠的时候，任何不可能都化为了可能，就把朋友门生也列为一族，连同祖宗亲戚合为十族。
根据《明史·方孝孺传》：“孝孺有兄孝闻，力学笃行，先孝孺死。弟孝友与孝孺同就戮，亦赋诗一章而死。妻郑及二子中宪、中愈先自经死，二女投秦淮河死。”明明是一代忠臣却落得如此下场，方孝孺的妻子郑氏和两个儿子方中宪、方中愈上吊死了，两个女儿投秦淮河而死。
不仅家人，其他亲戚朋友全都抓来受死，有的甚至还故意当着方孝孺的面千刀万剐杀死。方孝孺听到了那些消息，看到了死在面前的亲人，仍然不为所动，即使全部人都死了，还是自己的骨气尊严大于一切，还做了一首绝命诗，只有看到自己哥哥的时候才落下泪来，当真是闻者伤心，听者流泪的历史。
株连十族的行动持续了多天，杀死了873人，人数如此之庞大，许多无辜的方姓人士也遭受其害，除此之外，还有充军，流放的人超过千人。牵涉面非常广，可以看出燕王是有多么生气，还有方孝孺那绝不低头的倔强。全部人都死完了，最后方孝孺被凌迟磔杀。株连十族可以说是空前绝后，一个不服输的忠心臣子，连同身边所有有联系的人，就这样干干净净地被抹杀掉，手段真是极其残忍。
古代刑法中不论是凌迟还是腰斩都是很残忍的，方孝孺的死现在大致有三种态度，有人认为方孝孺是为国忠节，有人说他是报答朱允炆的知遇之恩，还有人认为他是愚忠。方孝孺的死应该是死于封建制度，方孝孺守君、守礼，朱棣即位本就是违背封建道德礼制的，所以方孝孺之死是死于封建制度。
历史上，被灭“九族”的人很多，但是方孝孺被灭了“十族”。什么是“九族”呢？一般九族是“父族”、“母族”、“妻族”，其中父族包括了父母、兄弟、姐妹、儿子、出嫁的姑母及其儿子、出嫁的姐妹及其外甥；母族包括外祖父家、外祖母的娘家、姨母及其儿子；妻族包括岳父一家和岳母的娘家，方孝孺的第十族是他的门生。
