太子逃亡之际，汉武帝追究卫子夫的责任，卫子夫因其在巫蛊事变中私自把皇宫侍卫给太子支持太子起兵诛杀江充，对战汉武帝军队。汉武帝诏遣宗正刘长乐、执金吾刘敢奉策收卫皇后玺绶，卫皇后亦因不能自明而以死明志。黄门苏文、姚定汉舆置公车令空舍，盛以小棺，将卫皇后葬在城南桐柏。
这就是卫皇后之死。汉武帝派人收取皇后玺绶，是进一步压制权力而已，防止他支持太子刘据，后人可以推测，被废只是时间的问题，只不过。来不及宣布，卫子夫已经自杀而死了。卫子夫之后，武帝再没立后，后因巫蛊之祸，下轮台罪己诏，后悔自己的错误。李夫人，钩弋夫人受宠，终没再立后。
不过，追尊李夫人为后确实是汉武帝的意思，至于为什么是汉昭帝时候而非在世就不得而知了。至于卫子夫是否死前被废，各种史料亦有争议。汉书载“及卫思后废后四年，武帝崩，大将军霍光缘上雅意，以李夫人配食，追上尊号曰孝武皇后。”一句认为，卫子夫自杀前被废。这是对历史的误解。
首先，《汉书·外戚传》“诏遣宗正刘长乐、执金吾刘敢奉策收皇后玺绶，自杀”。卫子夫自杀前，武帝下诏收皇后玺绶。玺绶代表皇后实权，而武帝下诏可以理解为，收回皇后实权（卫子夫支持太子起兵，武帝这个举动是可以理解的），但是皇后的名分仍然保留。这就有两种可能，一是收玺绶时卫子夫自杀，正式的废后诏书还未来得及下，废后程序终结；二是武帝只是暂时收回皇后实权，待太子起兵事尘埃落定后再做出是否废后的决断，但卫子夫没有给他这个机会。
其次，班固这句“卫思后废后四年”，是为下文霍光追尊李夫人为孝武皇后做铺垫。如果班固在上文中没写“卫思后废后”五字，那么承接下文的追尊行为则会名不正言不顺。而后来汉宣帝（戾太子刘据孙子，卫思后曾孙，刘询，流落民间称刘病已）之所以能够追谥卫子夫曰“思”，并将卫子夫以皇后身份厚葬，一是由于她没有被废的缘故，二是他是刘据的后裔。
事情弄到这种地步，武帝也觉得凄凉，想起皇后和太子竟然活生生地寻了死路，心中越发伤感，脾气也变得更加暴躁。暴君也许是快乐的，而倒霉的是手下的臣子。用伴君如伴虎来形容可能还不准确，应该说是到了朝不保夕的境地。这时，普天下的人也开始明白：统治这个庞大帝国的，是一位喜怒无常的老人。
这个老人，既没有少年时的雄才大略，甚至也没有少年时的贪婪欲求，只能用不间断的发怒和不间断的杀人来抵抗越来越恐惧的生命末日。感觉到了生命末日的帝王比野兽更加凶猛可怕。
