经过数月的战斗，虽然早先朝廷方面的军队屡受挫败，但是后来开始一步步紧逼起义军了。朱儁率领的军队斩杀了义军将领赵宏，后有设计引诱敌军出城，终被斩杀殆尽。十一月，汉军斩杀孙夏，自此黄巾军解散，张角也被戮尸。乱事虽被平息，但汉室威信遇上一次严重的打击。
汉灵帝没有改革，反而继续享乐。于各地还不断发生小型叛乱，产生许多分散的势力，如黑山、白波、黄龙、左校、牛角、五鹿、羝根、李大目、左髭丈八、苦蝤、刘石、平汉、大洪、白绕、司隶、缘城、罗市、雷公、浮云、飞燕、白爵、杨凤、于毒等，势力小的也有数千人，势力大的甚至有百万人，如张燕的黑山贼。
公元188年，黄巾军再次发生起义，黄巾余部纷纷起事。2月，郭太等于河东白波谷起事，攻略太原郡、河东郡等地。4月，汝南郡葛陂黄巾军再起，攻没郡县。10月，青州、徐州黄巾军又起，攻略郡县。11月，汉廷派遣鲍鸿进讨声势最大的葛陂黄巾，双方大战于葛陂，鲍鸿军败。黄巾各部此伏彼起，声势虽然没有第一次黄巾之乱般盛，但却令汉室十分头痛。
为了镇压平乱，于188年3月，灵帝接受太常刘焉的建议，将部份刺史改为州牧，由宗室或重臣担任，让其拥有地方军、政之权，以便加强地方政权的实力，更易控制地方，有效进剿黄巾余部。而正因汉灵帝下放权力，助长地方军拥兵自重。才导致各群雄互相攻击，逐鹿中原，甚至东汉皇帝在军阀手中如同无物，所以黄巾民变是促使东汉灭亡的导火线，也是三国时代的序幕。虽然如此，乱事仍造就了大赦党人，令许多文人、官吏得以重新受任。
