蓝玉在受降仪式上惹起的事端，也应视作上述影响较坏的事件之一。金山之役得胜还朝之时，有人举报冯胜私匿缴获的良马，向纳哈出之妻索取珠宝，强娶北元贵族女子，使被俘虏的北元将士失去降附之心。朱元璋闻奏，一怒之下收了冯胜的大将军印，参加北伐的诸位将士皆分文无赏。但不可思议的是，同样闯下大祸的蓝玉不但没受到追究，反而还受命代理冯胜的职位“行总兵官事”；旋即，蓝玉又于军中正式拜授大将军职衔，被升任为全军统帅。
事实证明，蓝玉的表现，比起他的前任冯胜，更是有过之、无不及。洪武二十一年三月，元朝末帝妥欢帖睦尔的孙子脱古思帖木儿嗣立为北元君主，时常骚扰塞上，朱元璋命蓝玉率师十五万前往捕鱼儿海（今贝加尔湖）一带征讨。在大军先锋官定远侯王弼的策动下，明军再以突袭取胜，杀太尉蛮子等，降其众。
北元主脱古思帖木儿与太子天保奴引数十骑逃遁。蓝玉以精骑追之，虏获其次子地保奴、妃、公主以下百余人，又追获吴王朵儿只、代王达里麻及平章以下官属、百姓七万余人，缴获宝玺、符敕金牌、金银印诸物，马驼牛羊十五万余头，还焚毁敌方大量“甲仗蓄积”等军用物资。其后奏捷京师，朱元璋“大喜”，立即“赐敕褒劳”，将他比作史上抗匈奴的汉将卫青、破突厥的唐将李靖。
但随后，有人举报说，蓝玉北征还师时夜扣喜峰关，关吏没能及时为他的部队开门，蓝玉竟“纵兵毁关”而入。朱元璋“闻之不乐”。其后，又有人举报，蓝玉私下强奸了被俘的北元主妃子，导致这名妃子因羞惭自缢而死。朱元璋就此“切责”蓝玉，并“镌其过于券”，在他的免死铁券上刻记罪过一次。原本为奖励他得胜还朝而欲封其为梁国公，也因过改成了“凉国公”。
洪武二十六年二月八日，早朝时，锦衣卫指挥蒋某突然控告蓝玉“谋反”，说他勾结景川侯曹震等公侯，企图趁皇帝到郊外举行“藉田“仪式时，发动兵变。蓝玉当场被拘押，突击审讯。官方公布的“狱词”是这样的：“（蓝）玉同景川侯曹震、鹤庆侯张翼、舳舻侯朱寿、东莞伯何荣，以及吏部尚书詹徽、户部侍郎傅友文等，谋为变，将俟上（指皇帝）出耤田举事。”
次日，蓝玉连同家属一并处死。株连处死的高官，有公爵一名，侯爵十三名，伯爵二名，连坐处死的功臣及其家属达一万五千人。史家感叹道：“于是元功宿将相继尽矣！”最为奇特的是，吏部尚书詹徽随同皇太孙朱允炆一起审讯，蓝玉不服“谋反”罪，詹徽斥责道：速吐实话，不得株连他人！蓝玉大喊：詹徽就是臣的同党！詹徽于是莫名其妙的成为“蓝党”。
