魏晋南北朝时期因战乱频仍，两汉时统一的档案机构不复存在，档案改而保存在秘阁。秘府保存有图书、地图、天文历法及文物等大量档案材料。
秘府档案来源有抢占被征服者秘府档案、购买民间所有的档案、接受民间进献、借抄私人所有档案、收藏私人撰写的史籍等。档案副本制度在其时也有了较大发展，受到广泛重视。
历史中，秘府的职责是收藏、管理国家的档案与重要典籍，其职能略近似于今之国家图书馆与档案馆的合体。
各代的秘府机关除收藏、保存档案与典籍之外，还负有收集、整理时人著作、编撰史籍等诸种任务。
魏晋南北朝时期，战乱频仍，政权动荡交替频繁，档案、图书等文献典籍屡遭兵燹，损毁、遗失惨重，为求正朔及文化传承等所系，各政权都非常重视丰富秘府藏品。
《后汉书·王允传》载：“及董卓迁都关中，允悉收敛兰台、石室图书秘纬要者以从。既至长安，皆分别条上。又集汉朝旧事所当施用者，一皆奏之。经籍具存，允有力焉。”
《隋书·经籍志》亦载：“董卓之乱，献帝西迁，图书缣帛，军人皆取为帷囊，所收而西，犹七十余载。两京大乱，扫地皆尽。魏氏代汉，采掇遗亡，藏在秘书中、外三阁”。
