明洪武十年，州官黄立中“疏奏朝廷，敕修少林寺”，直至清乾隆二十八年，泉州少林寺第三次被毁，火烧少林寺之后，少林寺和尚至善法师避祸民间，继续招收少林弟子，反清复明。
部分武僧逃入德化避难，其藏身地一直是个谜。近来有人证实，泉州市德化县福建省著名的戴云山脉是当年南少林武僧的落脚点。
在乾隆年间，一代武林宗师洪熙官进了泉州少林寺，拜至善禅师为师，继续发展南少林拳。后来他在广东佛山习武、开馆授徒，培养出了南少林拳王黄飞鸿，后又由黄飞鸿弟子传至香港，并远播东南亚及美国等地。
（二）莆田南少林寺
1986年，莆田市在西天尾镇北部层峦叠嶂中的九莲山麓发现一处古建筑遗址，以及五口建造于北宋年间的大型花岗岩石槽残碑、石柱等。
学者们从石槽长226厘米、宽100厘米，槽旁刻有“诸罗汉浴煎茶散” 字样，判断这是僧兵治疗伤病用的石槽，又从残碑、石柱上的“林泉院”、“寺山界”字样，最引人注目的是那口重达数千斤的宋代石槽，槽上刻有“当院僧兵永其佳其合共造石槽一口”，推测此遗址可能是南少林寺遗址。
