九莲山南少林寺海拔500多米，地形酷似河南的山间盆地，居九华山脉中段，地势十分险要，是理想的兵家用武之地。
山间盆地小平原，耕植可以自给，大本营离各个隘口不过数里之遥；且坡度平缓，如有军情，到隘口凭险据守不过片刻功夫。
从地理形势上看，林山实在是个易守难攻的藏龙卧虎之地。寺区周围有朱山、樟江、寨头等10多个山寨。目前各寨遗址均存。
山头尾和梧桐山还有高三、四十米颇为壮观的山涧瀑布。少林寺遗址正处在九莲山盆地的中心，寺院的基地有两面三刀万多平方米，十方丛林的气度可想而知。清初，南少林寺因在反清复明斗争中与天地会有着千丝万缕的联系，清王朝深为忌恨，遣兵焚毁，莆田南少林寺从此湮没于历史烟尘之中。
（三）福清少林寺
福清少林寺历史悠久，源远流长，始建于唐代，毁于战乱。近年经考古工作者调查、考证和考古挖掘，在1993年6且4日，在福清市东张镇少林自然村，找到了少林寺遗址。
又经福建省、福州市联合考古队对遗址进行考古发掘，出土大量珍贵文物，诸如遗址中发现“少林院”、“少林”等石刻铭文，以及石桥、石盂、石槽、石碾 （药臼）、石碑、石础、石春臼、石磨、石香炉、瓷器、钱币、铜镜，还有和尚墓塔等上千件文物，不胜枚举使少林寺遗址得到科学的验证。
这一争论多年的历史悬案，终于有了圆满的答案。福清发现的少林寺遗址，史册记载之多，遗址规模之宏伟，遗迹结构之完整，遗物分布之广泛丰富，以及所显示的文化内涵与河南嵩山少林寺之相似，在福建都是仅见的。
